A.清塘的藥物種類很多，應根據各地特點選擇應用。主要類別歸納如下：
一、化學類
1.生石灰
利用生石灰清塘有兩種方法，一種是干法清塘，常見做法是將池水排到6-10厘米深，在塘內底部挖若干個水坑，將生石灰分別放入水坑中溶化，不等坑中水冷卻，將坑中石灰水向池塘內四處潑灑。每畝池塘用量60-75公斤，視池塘底泥老化程度適當增減，第二天須用鐵耙攪動塘泥，使生石灰漿與淤泥充分混合，以發揮其改善底質的功效。另外一種方法是帶水清塘，即不排出池水施用生石灰，可以直接傾倒池塘中，但是最好是用竹籮筐盛裝生石灰，由人穿著水褲下塘，端著籮筐在水塘中左右振蕩，以保證生石灰在水中充分溶解，注意身體肌膚不要直接接觸正在溶解的生石灰，避免燙傷。生石灰每畝每米水深用量125-150公斤，需要7-10天后藥效消失才能將魚蝦苗入池，其優點是防病效果比干池清塘更好，缺點是成本高，生石灰用量比較大。
利用生石灰清塘是因為生石灰遇水會生成氫氧化鈣，在短時間內使池水PH值上升到11以上，同時放出大量的熱，因此可以殺滅野雜魚類、蛙卵、蝌蚪、昆蟲、雜蝦蟹、螞蟥、絲狀藻類、寄生蟲、大多數病菌。生石灰清塘后產生的氫氧化鈣可以保持池水略顯堿性，防止酸化。生石灰可以改良底質的通透性，增加鈣肥，為動植物提供營養物質。使用時需現買現用，且應在晴天使用，其清塘效果受水體堿度影響。但必須選擇剛剛出窖的塊狀石灰，而不要選擇那些塊少粉多的貨色。因為粉灰是生石灰潮解后與空氣中二氧化碳結合形成的碳酸鈣，已經失去清塘功效了，但必須注意的是堿性較強的水體不能用此法清塘。
2.漂白粉
漂白粉是使用了多年的第一代消毒劑，又稱含氯石灰，為白色顆粒狀粉末。用漂白粉清塘有兩種方法：干法清塘一般留池水5-10厘米，漂白粉用量為每畝6-15千克，另一種是帶水清塘，漂白粉用量為20毫克/升。清塘后4-5天藥性消失，即可放魚。漂白粉的殺菌效果比生石灰強，漂白粉清塘具有藥力消失快，用藥量少，有利于池塘的周轉等優點，缺點是沒有使池塘增加肥效的作用。
漂白粉有效氯含量在30%左右，遇水后分解出次氯酸和次氯酸離子，而次氯酸與次氯酸離子極不穩定，可放出活性氯和初生態氧，殺死魚類、蛭類、蝌蚪、螺、水生昆蟲、寄生蟲和病原體。但漂白粉有效氯含量不穩定，易揮發，使用時應先檢測其有效含量。
3.氨水
氨水呈強堿性，高濃度的氨水能毒殺魚類和水生昆蟲等，同時氨水也是一種很好的液體氮肥，能促使浮游植物大量繁殖，消耗水中游離二氧化碳，使池水PH值上升，從而增加水中分子氨的濃度，容易引起魚中毒。因此用氨水清塘之后最好再施用一些有機肥，促進浮游動物生長，以抑制浮游植物過度繁殖。氨水清塘時一般將池水排干或留水深10厘米左右，畝用氨水50公斤加水加干塘泥攪拌后全池均勻遍灑。加干塘泥的目的是減少氨水揮發，需要7-10天后藥效消失才能將魚蝦苗入池。氨水清塘的優點是成本低，促使魚成活率高鐵、生長快，發病少。缺點是不能殺滅螺螄。
二、農藥類：
用于清塘的農藥有二種，一種是殺蟲劑，另一種是滅螺劑，前者常用于清除池塘中的野雜魚與蝦類，后者常用于消除池塘中的野雜魚與螺蚌。本類藥物用量少，但常無殺菌作用，更無改良池塘環境的功能。
1.殺蟲劑：農藥類的清塘藥物有菊酯類、有機磷類（如敵百蟲等），農藥作為清塘劑使用時，主要是利用其對魚蝦類的毒性，低劑量時，有的殺蟲劑常用于防治魚類寄生蟲病，而高劑量時則用于清塘，以殺滅水體中的魚蝦類，但其對細菌等其他致病生物無作用，更不可能改善池塘環境。
2.滅螺劑： 滅螺藥物主要有氯硝柳胺，五氯酚鈉和煙酰苯胺等，在水產養殖過程中為殺滅池塘中的有害螺類，也常采用滅螺劑作為清塘藥物。
（1）氯硝柳胺：含量50%氯硝柳胺為黃棕色可濕性粉劑，無特殊氣味，對皮膚無刺激，對人畜毒性低，可直接加水稀釋應用。殺螺時用2g每立方米水體。氯硝柳胺能殺滅魚類、螺蚌類、螞蟥及寄生蟲，且在3g每立方米水體的濃度內對蝦蟹無任何影響，在清塘時常用氯硝柳胺作為殺魚殺螺劑，但對致病菌無作用。
（2）煙酰苯胺：是以煙酸和苯胺為主要原料合成的一種白色或灰色粉末的殺螺藥，具有殺螺效果好，對魚類低毒，用量少，使用方便等特點。滅釘螺的濃度為0.4g每立方米，本品對皮膚有強烈刺激，使用時要避免與裸露皮膚接觸，目前常與其他藥物復配，用于養殖塘中清除螺蚌類。
（3）甲苯咪唑，主要用于殺螺，對魚、蝦、蟹等均安全，斑點叉尾蛔、黃顙魚等除外。
3.撲草凈
屬于除草清塘劑，殺滅的主要雜草如下：漂浮性植物的漂葉菜，馬菜眼子菜，雞頭米等，藻類植物的青泥苔、魚網藻、輪葉黑藻、茨藻等，禾本科植物的菱角、三棱草、小葉張、蘆葦、蒲草、水稗草等。用法用量國標產品有35%撲草凈粉，養殖前用量為每畝用1千克，養殖過程中除青苔可以選擇國標35%撲草凈粉，用量為每畝水深1米用200克。
三、植物類
1.茶粕 以茶粕為代表的植物類清塘藥，其共同特點是均有殺魚的作用，部分的殺螺功能，但往往用量過大，且殺魚不徹底，更無殺菌的作用，使用時常需其他藥物配合才能達到徹底清塘的目的。
茶粕是油茶的果實經過榨油之后剩下的渣滓。茶粕含有皂素，通常含量有7-8%。
皂素又稱皂角苷，是一種溶血性毒素，能使魚的紅細胞溶化，故能殺死泥鰍等各種野雜魚類、螺螄、河蚌、蛙卵、蝌蚪和一部分水生昆蟲，但對病菌、蝦蟹毒力不強，常用于蝦蟹養殖塘中的清塘。皂素易溶于堿性水中，使用時加入少量石灰水，藥效更佳。由于茶粕的蛋白含量較高，因此它還是一種高效餅肥，對淤泥少，底質貧瘠的池塘可起到增肥作用。
使用時將茶粕敲成小塊，放在容器中，在水溫25度左右浸泡一晝夜即可使用，施用時再加水，均勻潑灑于全池，池塘水深1米用量為35-45公斤，上述用量可視塘內野雜魚的數量而增減，對不鉆泥的魚類用量少點，反之則多些，需要7-10天后藥效消失才能將魚蝦苗入池。
茶粕的特點主要有四點：a、綠色藥物，無毒性殘存，對人體無影響，使用安全，b、不殺死水草，對水草有促長效果，c、對蝦、蟹幼體無副作用，并可促進蝦、蟹脫殼，d、具有增加肥效的作用，在繁育蝦苗和培育幼蟹的池塘使用，可明顯提高蝦苗和幼蟹的出塘率。
2.魚藤精 利用魚藤和魚藤屬植物鮮根在水中搗碎，用其乳液來毒魚已有數世紀之久的歷史，水產養殖清塘時常用魚藤精，魚藤精的有效成分是從豆科植物魚藤的根部提取的物質，魚藤精一般含25%魚藤酮。魚藤精清塘用量為2g每立方米，魚藤精能殺死野雜魚類和部分水生昆蟲，對致病菌也有一定的殺滅作用，對蝦蟹類及餌料生物毒性較低，因此適用于蝦蟹池的清池除害，但在蝦蟹脫殼時應避免，以免造成死亡。
B.各種池塘清塘藥物的選擇：
1.魚苗池：魚苗躲避敵害生物，爭奪食物及生存資源的能力較差，應選用通殺型清塘劑，如生石灰、漂白粉、三氯異氰脲酸，值得注意的是如堿度較高的鹽堿地清塘不宜使用生石灰，可以選擇三氯異氰脲酸。
2.常規魚池塘：養殖青、草、鰱、鳙、鯉、鯽、鳊、魴等常規品種的池塘清塘，重點在于殺死兇猛肉食性魚類及野雜魚，同時還需殺滅寄生蟲及致病菌。可以選擇生石灰、漂白粉、三氯異氰脲酸、魚藤酮、溴氰菊酯等，有絳蟲病史建議使用氯硝柳胺等藥物以殺滅螺螄。
3.肉食性魚類池塘：青魚、鯉魚養殖塘應考慮保存螺蚌類，可選擇魚藤酮或者茶粕，養殖烏鱧、黃顙魚、鯰魚及叉尾蛔等建議使用生石灰、漂白粉等通殺型清塘藥。
4.常規魚及蝦蟹混養池：可以考慮對蝦蟹影響較小的茶粕、氯硝柳胺等。
5.蝦蟹塘：若是首次養殖須殺滅池塘中的一切不利生物因子，可選擇通殺型清塘劑，如果需要保存池塘中的蝦蟹等，可選擇魚藤酮。
